Такое ощущение, что вы пытаетесь оправдать то, что вам не понравился фильм, несостыковками, которых нет. Сцена в Африке с пулей:
а) объяснила нам, что Супермена подставили, при чём Лекс, при чём изначально знавший, какая у него связь с Лэйн, и, соответственно, кто он в обычной жизни;
б) так как Супермена подставили, это ухудшило его отношения с правительством и Бэтменом, которые не могли знать, что там произошло на самом деле (потом узнало ЦРУ, но это потом). Всё это развило дальнейший конфликт.

Что проще? Можно спросить только у Бэтмена, потому что он сделал бы и то, и другое, если бы в первом ему не помешал Супермен. Я вообще не понимаю, где тут претензия. У меня вот к этим сценам претензия, что Бэтмен убивает направо и налево, что противоречит его персонажу и при этом из этого не делается никакого конфликта.

Весь фильм построен на том, что Супермен может не всё.

Потому что он подслушал разговор про мать уже после битвы, что он и говорит в фильме.

Потому что его способности ограничены Бэтпещерой, где мы его в последний раз в фильме и видим.